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1 生信菜鸟团

2 main menu

3 计算机基础

4 perl

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6 生信基础

7 基础数据库

8 基础数据格式

9 基础软件

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生信菜鸟团,main menu,计算机基础,perl,linux,生信基础,基础数据库,基础数据格式,基础软件,杂谈随笔,生信组学技术,全外显子组软件,基因组学,转录组软件,进化专题,post navigation,larr;,older posts,如果你希望我回答你的问题,featured,posted on,ulwvfje,posted in,tagged,一个rna seq的反思,熟悉我的人都知道rna seq是我的拿手好戏啦,但是，今天处理了一个公共数据，比对率低的惊人,是测序数据质量不好

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基础数据格式 | 生信菜鸟团

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欢迎加群生信菜鸟团 201161227，或者去论坛biotrainee.com留言参与讨论. Skip to primary content. Skip to secondary content. 熟悉GSEA软件的都知道，它只需要GCT,CLS和GMT文件，其中GMT文件，GSEA的作者已经给出了一大堆就是记录broad的 Molecular Signatures Database (MSigDB). 已经收到了18026个geneset，但是我奇怪的是里面竟然没有包括cancer testis的gene set，MSigDB的确是多，但未必全，其实里面还有很多重复。因为即使下载了MSigDB的gene set，本质上就是gmt格式的数据而已 http:/ software.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Data formats#GMT: Gene Matrix Transposed file format .28.2A.gmt.29. Continue reading →. RmDupID -function(a...

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计算机基础 | 生信菜鸟团

http://www.bio-info-trainee.com/category/计算机基础

欢迎加群生信菜鸟团 201161227，或者去论坛biotrainee.com留言参与讨论. Skip to primary content. Skip to secondary content. 这本是我为论坛的基础板块写的一个基础知识点，但是浏览量实在有限，不忍它蒙尘，特在博客重新发布一次原帖见 http:/ www.biotrainee.com/thread-511-1-1.html. Gene symbol 是非常官方的，由HUGO 组织负责维护，有专门的数据库HGNC database of human gene names HUGO. C12orf44; Chromosome 12 Open Reading Frame 44; 这个是C orf系列基因的意思. LINC系列基因应该就是long intergenic non-protein coding RNA. Aliases for ENSG00000271971 Gene. Quality Score for this RNA gene is 1. Aliases for ENSG00000271971 Gene. 用到了一个测试数...

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转录组软件 | 生信菜鸟团

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欢迎加群生信菜鸟团 201161227，或者去论坛biotrainee.com留言参与讨论. Skip to primary content. Skip to secondary content. Continue reading →. Continue reading →. 早在去年九月，我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦 http:/ www.bio-info-trainee.com/1022.html. 我只用了里面的hisat来做比对而已但是群里的小伙伴问得特别多，我还是勉为其难的写一个教程吧，你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软件的然后自己找一个测试数据，我的脚本很容易用的 Continue reading →. 言归正传，我这里没精力去探究它们的具体原理，只是看看它们数一个read是否属于某个基因的时候，区别在哪里，大家看下图 Continue reading →. 可以在GEO数据库里面看到信息描述 http:/ www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi? Nohup /biosoft/sratoolkit/sratoolkit....

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杂谈-随笔 | 生信菜鸟团

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欢迎加群生信菜鸟团 201161227，或者去论坛biotrainee.com留言参与讨论. Skip to primary content. Skip to secondary content. 质控(MISO,fastqc,fastx,RSEM). 序列比对(BWA,GSNAP,TopHat,Hisat,Star,bowtie). 寻找差异基因(voom,DESeq,DESeq2,edgeR,BaySeq,SAMseq,). 基因融合(SOAPfusion,FusionSeq, deFuse , TopHat-Fusion , FusionHunter , SnowShoes-FTD, chimerascan，FusionMap). Https:/ en.wiki2.org/wiki/List of RNA-Seq bioinformatics tools. Continue reading →. 最近在写一篇很有趣的文章，一张图说清楚wgs,wes,rna-seq,chip-seq的异同点. 感兴趣可以去链接 http:/ pan.baidu.com/s/1jIgBTzw. Php remove...

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生信基础 | 生信菜鸟团

http://www.bio-info-trainee.com/category/basic-bio-infomatics

欢迎加群生信菜鸟团 201161227，或者去论坛biotrainee.com留言参与讨论. Skip to primary content. Skip to secondary content. Scalpel is available here: http:/ scalpel.sourceforge.net/. 文章是 http:/ www.nature.com/nmeth/journal/v11/n10/full/nmeth.3069.html. 软件说明书写的也比较详细 http:/ scalpel.sourceforge.net/manual.html. Continue reading →. MicroRNA Regulation of Cbx7 Mediates a Switch of Polycomb Orthologs during ESC Differentiation. Http:/ www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590911005856. Continue reading →. External Ids for E...

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课程讲义视频资源-生信技能树

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Linux 基础进阶高级的视频链接. GMT 8, 2017-3-19 02:15 , Processed in 0.040080 second(s), 16 queries .

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小白linux入门基础-计算机基础-生信技能树

http://www.biotrainee.com/thread-664-1-1.html

积分 50, 距离下一级还需 150 积分. 积分 50, 距离下一级还需 150 积分. Jimmiy的帖子 http:/ www.bio-info-trainee.com/1661.html. 另外刚刚看到[color=rgb(0, 0, 0)! 的一篇帖子里 http:/ www.biotrainee.com/thread-146-1-1.html. 链接 https:/ zhuanlan.zhihu.com/p/24863136. 安装Bio-linux的过程可以参考我的博客 Bio-linux系统的安装青山屋主新浪博客. 所以我推荐小白们直接看Bio-linux自带的使用简介 Introduction to Bio-linux。下一篇 R plot 之 bubble plot. 8226; linux 基础进阶高级的视频链接. 8226; 新手小白版生信分析人员如何系统入门linux. 8226; linux shell tricks for bioinformatics系列文章之二. 8226; 小白生信学习记一转录组基本知识及简单的linux命令.

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关于我们 | Public Library of Bioinformatics

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Public Library of Bioinformatics. 然而在实验中，总会有一系列的问题出现，诸如软件如何安装使用参数怎么设置软件安装出错了怎么解决数据格式怎么转换数据怎么分析。在线发布内容的方法请参考 http:/ www.plob.org/sharedata/jiaocheng/index.html. 如果在PLoB里面找不到答案，请在 http:/ www.BioAsk.net. 目前评论 38 其中访客 31 博主 7. 2015年04月08日上午 11:45 21楼. 2015年04月16日上午 9:45 1层. 2015年04月27日下午 4:16 22楼. 2015年05月22日下午 5:00 23楼. 2015年12月28日上午 8:53 24楼. 2016年03月26日上午 3:21 25楼. 2016年06月23日下午 5:01 26楼. 2016年08月24日上午 9:32 27楼. 生物信息学群 :421243979( 开放中. 生物信息学群 :330437576( 群已满. 请先在 www.plob.org.

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尹东觉的个人资料生信技能树

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R plot 之 bubble plot-可视化-生信技能树

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R plot 之 bubble plot. R plot 之 bubble plot. 积分 57, 距离下一级还需 143 积分. 积分 57, 距离下一级还需 143 积分. Https:/ xchromosome219.github.io/test/Bubble Chart.html. GMT 8, 2017-3-19 02:16 , Processed in 0.063409 second(s), 28 queries .

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广告专区-生信技能树

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2017323 3.26 北京蛋白质组学培训通知. 201612.8-12.12 广州微生物宏基因数据分析培训通知. GMT 8, 2017-3-19 02:16 , Processed in 0.093666 second(s), 16 queries .

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实现模糊匹配-高级难度-生信人必练的200个数据处理任务-生信技能树

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如果我要匹配一个字符串$a=ATTCCGGGAT;那么直接在shell里面grep它即可，写脚本也行$seq = /$a/;，但是如果我想查找这个字符串的模糊匹配，允许一个错配的情况，那么就非常多了这时候简单的匹配已经不能达到目的，但是我们仍然可以用perl强大的正则匹配功能达到目的。 A T) AT) .GAT) .GGAT) .GGGAT) .CGGGAT) .CCGGGAT) .TCCGGGAT) .TTCCGGGAT). Seq = /$b/;来替代$seq = /$a/;. A T) AT) .(? A T) AT) .GAT) .(? A T) AT) .GAT) .GGAT) .(? A T) AT) .GAT) .GGAT) .GGGAT) .(? A T) AT) .GAT) .GGAT) .GGGAT) .CGGGAT) .(? A T) AT) .GAT) .GGAT) .GGGAT) .CGGGAT) .CCGGGAT) .(? 只需要控制$one match=fuzzy pattern($a,1);里面的参数即可控制自己想要的匹配情况。

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生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来-生信人必练的200个数据处理任务-生信技能树

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首先新建文件tmp.sh 输入这个代码 perl -le '{print gene $ t.int(rand(1000) foreach 1.99}' # 然后用perl脚本调用这个tmp.sh文件 perl -e 'system( bash tmp.sh $ .txt) foreach a.z' # 这样就生成了a z这26个样本的counts文件. 实际需求如下 https:/ www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi? 里面有56个文件( ftp:/ ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/s . pl/GSE48213 RAW.tar. Paper是 https:/ www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24176112. 本主题由 Jimmy 于 2017-3-5 10:15 解除置顶. 积分 28, 距离下一级还需 22 积分. 积分 28, 距离下一级还需 22 积分. I think pandas can make our job easier! 基因组，转绿组，肿瘤信息，生物统计,Python, Linux. Usr/bi...

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作者: zyz ( 昨天 20:21. 查看/回复: 9/3" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" 如何从cufflinks拼接后的转录本 . 作者: zyz ( 昨天 20:05. 查看/回复: 1/1" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" 如何从cufflinks拼接的转录本中 . 作者: hoptop ( 前天 20:35. 查看/回复: 9/1" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" SHOREmap练习MBS. 作者: 生信媛 ( 前天 12:26. 查看/回复: 32/0" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" Biostar 课程1、2. 作者: Jimmy ( 3 天前. 查看/回复: 25/0" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" cancer按照primary site来分类并 . 作者: qians ( 3 天前. 查看/回复: ...

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作者: zyz ( 昨天 20:21. 查看/回复: 9/3" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" 如何从cufflinks拼接后的转录本 . 作者: zyz ( 昨天 20:05. 查看/回复: 1/1" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" 如何从cufflinks拼接的转录本中 . 作者: hoptop ( 前天 20:35. 查看/回复: 9/1" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" SHOREmap练习MBS. 作者: 生信媛 ( 前天 12:26. 查看/回复: 32/0" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" Biostar 课程1、2. 作者: Jimmy ( 3 天前. 查看/回复: 25/0" onmouseover="showTip(this)" target=" blank" cancer按照primary site来分类并 . 作者: qians ( 3 天前. 查看/回复: ...

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Include iostream using std: cout; using std: endl; int main(int argc,char *argv[]) { cout "Hello, Bioinformatics." endl; }. The quick brown fox jumps over the lazy dog. Begin{eqnarray*}y= sum {i=1} {N}(x i-a) 2 tag{1} end{eqnarray*}.

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شيوه نقل و انتقال پرنده ها کاملا با هم متفاوت است. تعدادي از آنها پرواز مي کنند، بعضي مي توانند خيلي خوب بدوند و بعضي شنا مي کنند و برخي ترکيب آنها را انجام مي دهند. بيشتر پرندگان مي توانند پرواز کنند و طاووس يکي از اين پرندگان است، اما آيا تا کنون پرواز اين پرنده بسيار زيبا را ديده ايد؟ طاووس ها به طور طبيعي همه چيز خوار بوده و عمدتا از اجزاي گياهي و گلبرگ ها تغذيه مي کنند، ولي حشرات و ساير بند پايان نيز مواد غذايي مطلوبي براي آنهاست و حتي خزندگان و دوزيستان را نيز شکار مي کنند. توسط سيده مريم معالي.

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Bio Info c’est qui? Bio info Le magazine du mieux vivre. Inscrivez-vous à la newsletter. Noël devrait être le temps d’une profonde réflexion" :. Entre une fête chrétienne qui n’est plus forcément vécue comme. Du chocolat bon pour la santé. Les chocolats bio affichent une composition saine, sans OGM,. Le sommeil, une histoire d'horloge. Pour mieux connaître le sommeil, il est. Jeu Concours Hiver - La Distillerie de Saint Hilaire. Vous allez adorer l’hiver avec la distillerie De Saint. À louer - À partager.

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Rohlik.cz a Sklizeno spustí platformu pro prodej výrobků drobných producentů. Lidl rozšířil nabídku biopotravin. Country Life oslavuje biokosmetiku. Nepropásněte březnový Festival Evolution, kde hlavní roli hraje zdravý životní styl. VB: Britové vloni utratili 2,2 miliardy liber za biopotraviny. Rohlik.cz a Sklizeno spustí platformu pro prodej výrobků drobných producentů. Lidl rozšířil nabídku biopotravin. Velká jarní akce Country Life - vyzkoušejte nové chutě biopotravin. Biokosmetika na vzestupném tren...

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