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Bases da Bioinformática: Maio 2009
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Domingo, 31 de maio de 2009. 1 O que é Bioinformática? Do programa dedicado ao tema da Universidade de Wageningen, na Holanda - http: / www.bioinformatica.nl. Hoje, para que se possa ter idéia da contribuição que a informática trouxe ao desenvolvimento da genômica, um novo gene, com cerca de 12 mil bases pode ter sua seqüência decifrada em 1 minuto, quando há 3 anos atrás a mesma tarefa levaria 20 minutos e há 20 anos, mais ou menos 1 ano. 2 Um pouco de História. A história começa na década de 1940, quan...
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Bases da Bioinformática: 4. Como funciona?
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Domingo, 31 de maio de 2009. Um genoma de bactéria tem em geral 3 ou 4 milhões de letrinhas ou bases. As máquinas sequenciadoras conseguem ler apenas pedaços de cerca de 1000 bases. A solução é gerar uma enorme quantidade de fragmentos que tenham sobreposição entre si. Para ler 3 ou 4 milhões são necessários cerca de 100 mil desses fragmentos. Aí, obviamente, é necessário um programa de computador para montar esse quebra cabeça. A linguagem dos genes. O PERL (Practical Extract and Report Language) é uma ...
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Bases da Bioinformática: 3.Para que serve?
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Domingo, 31 de maio de 2009. As principais aplicações da Bioinformática são as seguintes:. 1Análise, armazenamento, processamento de sequências biológicas (DNA/RNA, proteínas) em larga escala;. 2Organização e manuseamento de bases de dados biológicas;. 3Extracção de conhecimento útil a partir de sequências biológicas (Data Mining):anotação de genomas, identificação de genes, previsão da estrutura e da função de biomoléculas, etc. Fonte: Rocha,M. BIOINFORMÁTICA: passado, presente e futuro! USP: Programas ...
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Bases da Bioinformática: 2. Um pouco de História...
http://basesdabioinformatica.blogspot.com/2009/05/2-um-pouco-de-historia.html
Domingo, 31 de maio de 2009. 2 Um pouco de História. O nascimento do moderno computador digital e da moderna biologia molecular se deram mais ou menos ao mesmo tempo. A história começa na década de 1940, quando foi inventado o moderno computador digital. O primeiro computador moderno começou a funcionar por volta de 1946. Ele se chama digital, pois os dados são armazenados com um alfabeto binário, os. Mas esse nascimento ainda esperou algum tempo para acontecer. Foi preciso esperar até fins da década de ...
gusdb.org
GUS: The Genomics Unified Schema
http://www.gusdb.org/about.php
The Genomics Unified Schema. The Genomics Unified Schema (GUS) is an extensive relational database schema and associated application framework designed to store, integrate, analyze and present functional genomics data. The GUS schema supports a wide range of data types including genomics, gene expression, transcript assemblies, proteomics and others. It emphasizes standards-based ontologies and strong-typing. Projects and Groups Using GUS. A federated gateway to apicomplexan parasite genome resources loc...
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Bases da Bioinformática: 5.Atualidades
http://basesdabioinformatica.blogspot.com/2009/05/atualidades.html
Domingo, 31 de maio de 2009. Trechos do sequenciamento genético de amostra do vírus influenza A(H1N1),. Circulante no Brasil,sequenciado pelo Laboratório de Vírus Respiratórios. E Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz). O Brasil tem avançado muito no segmento. Da Bioinformática e ocupa o oitavo lugar em número de pesquisa com mapeamento genômico.Em novembro de 1999, a ciência brasileira fez história com o sequenciamento completo do DNA da bactéria. 2009)A EMBRAPA desenvolveu o Laboratório de Bio...
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Bases da Bioinformática: 1. O que é Bioinformática?
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Domingo, 31 de maio de 2009. 1 O que é Bioinformática? Do programa dedicado ao tema da Universidade de Wageningen, na Holanda - http: / www.bioinformatica.nl. Hoje, para que se possa ter idéia da contribuição que a informática trouxe ao desenvolvimento da genômica, um novo gene, com cerca de 12 mil bases pode ter sua seqüência decifrada em 1 minuto, quando há 3 anos atrás a mesma tarefa levaria 20 minutos e há 20 anos, mais ou menos 1 ano. Assinar: Postar comentários (Atom). 1 O que é Bioinformática?
maoringo.blogspot.com
Maorin Blog: 4月 2011
http://maoringo.blogspot.com/2011_04_01_archive.html
How very little can be done under the spirit of fear. 古く、糖鎖のDBはCarbBankがつくっていたが、1995年に廃止され、リンクできなくなってしまった。 また、このDBは初期のDBだけあって、糖鎖の構造の書き方が不統一であったりして見にくかった。 今回は糖鎖の構造を調べたかったのでKCF(KEGGの提供するデータの構造を中心としたファイル方式)を利用することにした。 CarbBankのファイル方式CCSD(Complex Carbohydrate Structure Database)はその点アノテーションは豊富なのである。 と対応させようと思うと一(KCF)対多(CarbBank)になってしまっている。 Http:/ www.biowebdb.org/pub/kegg/ligand/glycan/. Http:/ ibisforest.org/index.php? イルミナ ChIP-Seq は、クロマチン免疫沈降(ChIP)と大量並列シーケンステクノロジーを併用して. Also known as ChIP-Seq.