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坊農秀雅について | ぼうのブログ

データベースの統合化に向けたライフサイエンスデータベース統合推進事業 (科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC). 内となり、遺伝研にある DNA DataBank of Japan(DDBJ). 理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造機能研究グループ基礎科学特別研究員、埼玉医科大学ゲノム医学研究センター助手、同講師、同助教授、同准教授を経て、2007年7月より大学共同利用機関法人情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)特任准教授。平成12年4月1日理化学研究所基礎科学特別研究員(横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造機能研究グループ). 平成19年7月1日情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任研究員(特任准教授). 平成26年4月1日情報システム研究機構国立遺伝学研究所に職務地変更. 平成18年1月16日総合研究大学院大学先導科学研究科数理生命体科学特講非常勤講師(平成18年3月31日まで). 2,340千円(20...

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データベースの統合化に向けたライフサイエンスデータベース統合推進事業 (科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC). 内となり、遺伝研にある DNA DataBank of Japan(DDBJ). 理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造機能研究グループ基礎科学特別研究員、埼玉医科大学ゲノム医学研究センター助手、同講師、同助教授、同准教授を経て、2007年7月より大学共同利用機関法人情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)特任准教授。平成12年4月1日理化学研究所基礎科学特別研究員(横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造機能研究グループ). 平成19年7月1日情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任研究員(特任准教授). 平成26年4月1日情報システム研究機構国立遺伝学研究所に職務地変更. 平成18年1月16日総合研究大学院大学先導科学研究科数理生命体科学特講非常勤講師(平成18年3月31日まで). 2,340千円(20...

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データベースの統合化に向けたライフサイエンスデータベース統合推進事業 (科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC). 内となり、遺伝研にある DNA DataBank of Japan(DDBJ). 理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造機能研究グループ基礎科学特別研究員、埼玉医科大学ゲノム医学研究センター助手、同講師、同助教授、同准教授を経て、2007年7月より大学共同利用機関法人情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)特任准教授。平成12年4月1日理化学研究所基礎科学特別研究員(横浜研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造機能研究グループ). 平成19年7月1日情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任研究員(特任准教授). 平成26年4月1日情報システム研究機構国立遺伝学研究所に職務地変更. 平成18年1月16日総合研究大学院大学先導科学研究科数理生命体科学特講非常勤講師(平成18年3月31日まで). 2,340千円(20...

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Abstract for Hidemasa Bono's master thesis

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Systematic Prediction of Enzyme Genes Utilizing the Metabolic Pathway Database. KEGG (Kyoto Encyclopedia Genes and Genomes) は京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリーで行なわれている計算機による遺伝子の機能解析のプロジェクトである。我々はORF (Open Reading Frame) が決定されたタンパク質配列から酵素番号を割り当てるシステムを開発した。システムは複数の質問配列とこれまでにゲノムの決まった生物種すべての遺伝子に対して相同性検索を行い、質問配列の orthologous gene オーソロガス遺伝子を割り当て、その結果を総合して酵素遺伝子の機能を予測する。再構築された各生物固有の代謝パスウェイを調べることでmissing enzyme 欠けている酵素を見いだすことができる。２種類のMycoplasmaはほとんどこのパスウェイを構成する酵素がなかったのに対し、 E.coli, H.influenzae.

2

雑感 | ぼうのブログ

http://bonohu.jp/blog/category/雑感

Hellip; 続きを読む →. それをうまく並列に御して業績を出していくことは、数え切れないほどのプロジェクトをかかえてしまったFANTOM2の共同研究の時に身に着けた技 … 続きを読む →. 今回、痛感したのは、公共DBに関する正確な知識のアップデートの重要性研究者間でのデータ共有の仕組みの必要性とくに、某所で某プロジェクトに関わる人達でのデータ … 続きを読む →. 私から最近のオープン … 続きを読む →. そして … 続きを読む →. 現在所属しているセンターが属している大学共同利用機関法人情報システム研究機構(ROIS: Research Organization of Information and Systems)が毎年主催している機構シン … 続きを読む →. Hellip; 続きを読む →. まずは、BioProject PRJから始まるID)とGEO Series(GSEから始まるID)のIDを抽出して、後者はGS … 続きを読む →. BioProjectのデータ … 続きを読む →. Hellip; 続きを読む →.

3

研究プロジェクト | ぼうのブログ

http://bonohu.jp/blog/projects

By http:/ bonohu.jp/blog. Is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 2.1 Japan License. Based on a work at bonohu.jp. Proudly powered by WordPress.

4

Abstract for Hidemasa Bono's doctor thesis

http://bonohu.jp/docs/dthesis/abstract.html

具体的には代謝パスウェイを例として (1) 遺伝子コード領域が容易に予測可能な微生物と (2)cDNA 配列情報から遺伝子構造が実験的に得られている哺乳類のモデル生物マウスで解析を行った。 20世紀初頭より蓄積された代謝パスウェイの知識に対して、酵素の機能割り当てを双方向からのスコアの最高値を取る配列相同性検索(bi-directional best hit) を利用して、ゲノムが決まったばかりの生物種で代謝パスウェイを再構築するシステムGFIT(Gene Function Identification Tool) を開発した。 Download full paper;.

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2010年代のバイオインフォマティクス | ぼうのブログ

http://bonohu.jp/blog/category/bi2010s

かつてはFTPサイトからダウンロードしてきた予測アミノ酸配列セットに対して、今は Trinity Tra … 続きを読む →. RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization). RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. というわけで、Trinity … 続きを読む →. RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization) は. Human transcriptome のデータベース The Genotype-Tissue Expression (GTEx) へリンク張るには、いわゆる遺伝子名(Gene Symbol)で、例えばEPAS1の場合 … 続きを読む →. 6本あって、やはり医学系ばかりとい … 続きを読む →. Papers using RefEx は. Identification of functional enolase … 続きを読む →.

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バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法〜遺伝子の配列・機能解析，タンパク質解析，プロテオミクス，文献検索，検索エンジン…etc. 真に役立つサイトを使い倒す！

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特別記事エボラ出血熱 SFTS デング熱. News and Hot Paper Digest. 遺伝子の配列機能解析，タンパク質解析，プロテオミクス，文献検索，検索エンジンetc. 真に役立つサイトを使い倒す. 中村保一，石川淳，礒合敦，平川美夏，坊農秀雅編. 定価 4,200円税. 大好評書を改訂バイオデータベースとウェブツールを使ったことがない方，もう使っている方すべてにお勧め１つ１つの画面に沿って手順を詳しく図示しているので英語のサイトもすぐに使えるコツと裏技も必見. 大学共同利用機関法人情報システム研究機構 ROIS ライフサイエンス統合データベースセンター DBCLS. 独立行政法人産業技術総合研究所生物情報解析研究センター統合データベース解析チーム. 独立行政法人理化学研究所発生再生科学総合研究センター機能ゲノミクスユニット. 大学共同利用機関法人情報システム研究機構 ROIS ライフサイエンス統合データベースセンター DBCLS. 独立行政法人理化学研究所発生再生科学総合研究センターシステムバイオロジー研究チーム機能ゲノミクスユニット.

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Bono in front of Hansa Studios. Bono in front of the Hansa Studios/Meistersaal in Berlin on 3rd May 2011 as he walks into the building for a film scene and stopping by to say hello to some fans. Probably they're filming for some bonus material for the upcoming 20th anniversary Edition of Achtung Baby. Both happened around 5pm¨. - U2gigs.com. Bono's marriage has 'ups and downs'. Source, Language, Year: 2011. Bono also spoke about "having nervous dreams" about his children. Bono: The biggest problem facing...

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