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Next generation sequencing solutions and more. IIT-Biotech GmbH - Next generation sequencing solutions and more. Hochdurchsatzsequenzierung und Bioinformatik - Hand in Hand. Die Verfügbarkeit unterschiedlicher Plattformen für die Hochdurchsatzsequenzierung, sowie die enge Kooperation mit der Bioinformatik bietet ihnen die Möglichkeit, bei der IIT Biotech ihre Probe nach ihrer individuellen Fragestellung professionell sequenzieren und analysieren zu lassen.

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Next generation sequencing solutions and more. IIT-Biotech GmbH - Next generation sequencing solutions and more. Hochdurchsatzsequenzierung und Bioinformatik - Hand in Hand. Die Verfügbarkeit unterschiedlicher Plattformen für die Hochdurchsatzsequenzierung, sowie die enge Kooperation mit der Bioinformatik bietet ihnen die Möglichkeit, bei der IIT Biotech ihre Probe nach ihrer individuellen Fragestellung professionell sequenzieren und analysieren zu lassen.
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1 iit biotech gmbh
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Genomannotation

http://iitbiotech.cebitec.uni-bielefeld.de/index.php/bioinformatik/genomannotation

Next generation sequencing solutions and more. Mit den Genomannotationprogrammen GenDB für Prokaryoten und GenDBE für Eukaryoten stehen dem IIT etablierte und flexible Softwareplattformen für die automatische und manuelle Annotation von Genomen zur Verfügung. Zahlreiche bioinformatische Tools zur Identifikation, Klassifikation und Annotation von Genen stehen zur Auswahl. Daneben erlaubt das Webinterface eine ausführliche und komfortable manuelle Annotation durch den Benutzer.

2

de novo Sequenzierung

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Next generation sequencing solutions and more. Vollständige und lückenfreie Genome sind das Ziel bei de novo. Daten aus Paired End- oder MatePair-Ansätzen, die eine Anordnung einzelner assemblierter Bereiche (Contigs) zu größeren Abschnitten (Scaffolds) ermöglichen, liefern wertvolle Informationen über die Genomstruktur. Gerade bei Organismen, für die kein Referenzgenom verfügbar ist wird eine solche Sequenzierung empfohlen. Beispiel für ein Genomprojekt:. Finishing mittels in silico Finishing.

3

RNASeq

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Next generation sequencing solutions and more. Beispiel für ein RNASeq-Projekt:. Sequenzierung auf dem Illumina HiSeq 1500.

4

Metagenomik

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Next generation sequencing solutions and more. Komplettiert wird unser Angebot für Metagenomanalysen durch unsere automatisierte Amplikon-Auswertungen, welche Ihnen die Analyse von taxonomischen Profilen und statistischen Berechnungen für ihre Amplikondatasätze bietet.

5

Amplikonsequenzierung

http://iitbiotech.cebitec.uni-bielefeld.de/index.php/strategien/rrna-target

Next generation sequencing solutions and more. Die Sequenzierung von Amplikon-Bibliotheken ist eine effektive Methode zur taxonomischen Profilierung mikrobieller Gemeinschaften über unterschiedliche Markergene, z.B. 16S rRNA, 18S rRNA oder ITS. Beispiel für ein Amplikonprojekt:. Sequenzierung auf dem Roche GS FLX , PGM oder auf dem Illumina MiSeq.

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Komparative Genomik

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Next generation sequencing solutions and more. Die Software EDGAR ermöglicht es Ihnen, mehrere sequenzierte Genome miteinander zu vergleichen. Dadurch erhalten sie einen schnellen Überblick über die Ähnlichkeit Ihrer sequenzierten Stämme zu öffentlich verfügbaren Referenzgenomen. Neben der Berechnung eines phylogenetischen Baums, sowie des Core- und Pangenoms einer Spezies, stehen ihnen Informationen über Singletons und gruppenspezifische Gene zur Verfügung.

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RNASeq

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Next generation sequencing solutions and more. Beispiel für ein RNASeq-Projekt:. Sequenzierung auf dem Illumina HiSeq 1500.

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Genome

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Next generation sequencing solutions and more. Diverse Mikroorganismen besitzen Eigenschaften, die von großen Interesse für industrielle oder medizinische Anwendungen sind. Durch Genominformation können diese Eigenschaften besser verstanden und analysiert werden. Wir sequenzieren ihr Genom, ob eukaryotisch oder prokaryotisch mit der neusten Next-Generation Sequenziertechnologie und jahrelanger Erfahrung in diesem Bereich. Durch maßgeschneiderte Planung der Genomprojekte mit anschließender Dat...

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Sequenzierung

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Next generation sequencing solutions and more. Unsere Sequenzierabteilung ist mit der neuesten Next-Generation Sequenziertechnologie ausgestattet. Wie bieten ihnen individuelle Projektplanung und Probenbearbeitung, keinen Massendurchsatz. Neben der 454-Technologie mit der GS FLX/FLX Plattform, stehen ihnen der HiSeq 1500 und der MiSeq von Illumina, sowie die PGM von Ion Torrent zur Verfügung.

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Transkriptome

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Next generation sequencing solutions and more.

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Genomannotation

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Next generation sequencing solutions and more. Mit den Genomannotationprogrammen GenDB für Prokaryoten und GenDBE für Eukaryoten stehen dem IIT etablierte und flexible Softwareplattformen für die automatische und manuelle Annotation von Genomen zur Verfügung. Zahlreiche bioinformatische Tools zur Identifikation, Klassifikation und Annotation von Genen stehen zur Auswahl. Daneben erlaubt das Webinterface eine ausführliche und komfortable manuelle Annotation durch den Benutzer.

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Amplikonsequenzierung

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Metagenome

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Next generation sequencing solutions and more. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung mikrobieller Gemeinschaften aus verschiedenen biologischen Habitaten liefert uns Aufschluss über das taxonomische Profil der mikrobiellen Gemeinschaft. Ebenfalls liefert eine Metagenomsequenzierung Informationen über funktionelle Eigenschaften der Mikroorganismen. Bisher unbekannte, interessante Enzyme, sowie Genominformation von schlecht- oder schwerkultivierbaren Mikroorganismen können durch eine Metagenomsequenzieru...

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de novo Sequenzierung

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