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Leading Project for Biosimulation. あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL バージョン2.1)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。 LGPLの原文は http:/ www.gnu.org/copyleft/lesser.html. LGPLの日本語参考訳は http:/ www.opensource.gr.jp/lesser/lgpl.ja.html. Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka and Akinori Noma. A Java package for the development of detailed cell models. Progress in Biophysics and Molecular Biology 90: 360-377,2006. 皿井伸明、天野晃、松岡達、松田哲也、野間昭典. シミュレーション, vol. 23, No. 1, p. 4-13, 2004. PDF (3.3 Mb).

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Leading Project for Biosimulation. あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL バージョン2.1)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。 LGPLの原文は http:/ www.gnu.org/copyleft/lesser.html. LGPLの日本語参考訳は http:/ www.opensource.gr.jp/lesser/lgpl.ja.html. Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka and Akinori Noma. A Java package for the development of detailed cell models. Progress in Biophysics and Molecular Biology 90: 360-377,2006. 皿井伸明、天野晃、松岡達、松田哲也、野間昭典. シミュレーション, vol. 23, No. 1, p. 4-13, 2004. PDF (3.3 Mb).

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1 cell/biodynamics simulation

2 simbio

3 チュートリアル

4 分散計算

5 ようこそ

6 お知らせ

7 ダウンロード

8 wiki

9 english

10 モデルを動かす

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cell/biodynamics simulation,simbio,チュートリアル,分散計算,ようこそ,お知らせ,ダウンロード,wiki,english,モデルを動かす,concept,変更履歴,よくある質問,simbioとは,i 動作環境の準備,動作環境の整備,simbioの入手,eclipseプラグインのインストール,ii guiで実行,guiからパラメータを変えてみる,著者略歴,分散計算利用ツール,simbioプラグインの機能,計算順序,javadoc api,はじめに,使用条件,参考文献

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Apache

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Leading Project for Biosimulation. あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書(LGPL バージョン2.1)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。 LGPLの原文は http:/ www.gnu.org/copyleft/lesser.html. LGPLの日本語参考訳は http:/ www.opensource.gr.jp/lesser/lgpl.ja.html. Nobuaki Sarai, Satoshi Matsuoka and Akinori Noma. A Java package for the development of detailed cell models. Progress in Biophysics and Molecular Biology 90: 360-377,2006. 皿井伸明、天野晃、松岡達、松田哲也、野間昭典. シミュレーション, vol. 23, No. 1, p. 4-13, 2004. PDF (3.3 Mb).

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1

I-1 動作環境の整備

http://jp.sim-bio.org/tutorial/01/index.html

Leading Project for Biosimulation. Head First Java 頭とからだで覚えるJavaの基本. SimBioの開発に用いたPCはWindows XP、Pentium 4 2.4 GHz、RAM 512 MBです。 CPU Celeron 400 MHz以上. OS Windows 98, 2000, Me, XP、Mac OS X、Red Hat Linux 8.0, 9.0、Fedora Core 4、 Vine Linux 2.6. コマンドやボタンの表示については、で囲んで表記、入力する文字については、フォントを command. Windowsの場合、スタートボタン→ すべてのプログラム → アクセサリと辿り、コマンドプロンプトを実行します。開いたウィンドウに java –version. と打ち込んでEnterキーを押し、 "java version 1.4.2"等と表示されれば、Javaが利用可能です ( java. 141以前のバージョンでは次にインストールするEclipse 3.1.2が動きません。ファイル展開先にEclips...

2

simBio分散計算パッケージ: 利用手順

http://jp.sim-bio.org/javaspaces/client.html

Leading Project for Biosimulation. SimBio, JavaSpace, JavaSpaceClientプロジェクトをチェックアウトします。 Build dependencies.xmlを右クリック、[実行]→[Antビルド]で実行すると必要なファイルが作成されます。ビルドパスにsimBio, JavaSpace, JavaSpaceClientプロジェクトもしくはsimBio*.jarのどちらかを追加します。 Build httpd.xmlを右クリック、[実行]→[Antビルド]で実行し、クラス配布サーバーを起動する。 Codebase URLset URL="http:/ 192.168.0.249. Target/lib/simBio httpd- x.x.x. URLset URL="http:/ 192.168.0.249. Lib/simBio JavaSpaceClient- x.x.x. Jar;http:/ 192.168.0.249. VM引数に -Djava.security.policy=policy.all.

3

simBio分散計算パッケージ: 準備手順

http://jp.sim-bio.org/javaspaces/worker.html

Leading Project for Biosimulation. C: lib jini2 1にinstall. Src/main/resources/simBioServer.properties.sampleからsimBioServer.propertiesを作成し、 org.simBio.sim.js.jini.ServiceLocator.URLにWorkerが接続するサーバーのIPを設定しておく。 RemoteClientプロジェクトのbuild.xmlを右クリックし、[Run]→[Antビルド]で実行すると、 RemoteClient/target/distにserver用とworker用の配布ファイルが出来上がります。 Server JavaSpace-0.3.xx.xx.bin.zip. Worker JavaSpace RemoteClient-0.3.xx.xx.bin.zip. 同時に、 c: lib simBioにワーカー用ファイルが新規にコピー(以前のfileは削除されます) され、配備されます。 Chmod x startJavaSpaces.sh. 表示されないときは、...

4

II-1 GUIからパラメータを変えてみる

http://jp.sim-bio.org/tutorial/02/index.html

Leading Project for Biosimulation. Http:/ www.kyoto-info.com/kyoto/. Shigotoba at kyoto-info.com. 英語版のII章、III章は http:/ www.sim-bio.org/. Send feedback about the website to: sarai@card.med.kyoto-u.ac.jp.

5

よくある質問

http://jp.sim-bio.org/start/faq.html

Leading Project for Biosimulation. Eclipseメニューのウィンドウ - 設定 - ワークベンチ - エディター - テキストファイルエンコードにUTF-8を選択。変換後の文字コードに UTF-8 を選択。フィルターに .* .java と入力し実行。 Xmlにも日本語コメントが入っている場合、フィルターに .* .xml と入力し実行。 NodesetValue( x )とすると、その瞬間にNodeの値はxに更新され、Node.getValue()とすることでNodeの現在値を用いる事が出来ます。 Send feedback about the website to: sarai@card.med.kyoto-u.ac.jp.

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http://www.sim-bio.org/news

A Java package for biological simulation. A Java package for biological simulation. SimBio 1.0PR2 released. A new release of simBio is now available at http:/ sourceforge.net/project/showfiles.php? Group id=146713 Changes from previous version are The volume regulation model by. January 16, 2007 8:55 PM Posted by Sarai Comments (0). The volume regulation model has been published in Takeuchi et al. (2006) on 1st Nov. We are working hard to. November 2, 2006 9:29 AM Posted by Sarai Comments (0). The excita...

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Overview

http://www.sim-bio.org/overview.html

Leading Project for Biosimulation. I Preparing the Operational Environment. Setting up the Operational Environment. II Running with the GUI. Changing Parameters from the GUI. Changing Parameters from XML. Modifying XML, Adding/Deleting Functions. Changing the Graph Display. III Reproducing Figures from Papers. Displaying Article Figures in a GUI Graph. Making CSV Data for Drawing. Show a Diagram of Parameter Dependencies. How to Check Parameter Dependencies. Protocol for Changing a Model. Using object-or...

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Release Packages

http://www.sim-bio.org/releasepackages.html

Leading Project for Biosimulation. I Preparing the Operational Environment. Setting up the Operational Environment. II Running with the GUI. Changing Parameters from the GUI. Changing Parameters from XML. Modifying XML, Adding/Deleting Functions. Changing the Graph Display. III Reproducing Figures from Papers. Displaying Article Figures in a GUI Graph. Making CSV Data for Drawing. Show a Diagram of Parameter Dependencies. How to Check Parameter Dependencies. Protocol for Changing a Model. The folder src/...

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Bilingual Feature

http://www.sim-bio.org/bilingualfeature.html

Leading Project for Biosimulation. I Preparing the Operational Environment. Setting up the Operational Environment. II Running with the GUI. Changing Parameters from the GUI. Changing Parameters from XML. Modifying XML, Adding/Deleting Functions. Changing the Graph Display. III Reproducing Figures from Papers. Displaying Article Figures in a GUI Graph. Making CSV Data for Drawing. Show a Diagram of Parameter Dependencies. How to Check Parameter Dependencies. Protocol for Changing a Model. Each taglet sho...

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http://www.sim-bio.org/index.html

Leading Project for Biosimulation. I Preparing the Operational Environment. Setting up the Operational Environment. II Running with the GUI. Changing Parameters from the GUI. Changing Parameters from XML. Modifying XML, Adding/Deleting Functions. Changing the Graph Display. III Reproducing Figures from Papers. Displaying Article Figures in a GUI Graph. Making CSV Data for Drawing. Show a Diagram of Parameter Dependencies. How to Check Parameter Dependencies. Protocol for Changing a Model. SimBio wouldn't...

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