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研究おぼえがき

12288;本日の業務は、Tcsで作ったgmlファイル（でも拡張子は、graph）を、R(igraph）に読み込ませ、ラベルとか、ノードの大きさとか、エッジとかを自由にすること。 Rには読み込めた！ｖ（＾＾）. 12539;・・しかし自由にはならない・・・というところです。昨日は、読み込みすらできなかったので、まぁ、進展したってことですかね。小細工しないで、ファイル名の拡張子がgraphのままで、read.graphを使って、ファイル形式はgmlにすればよかったのだよ、ということでした。はぁぁぁ～。これで、すんなりデータを読みこんでくれました・・・。 12539;・・じつは、くれてなかった。何を読み込んでくれたのか、”属性”を確認したら、. この場合（ノードの属性）返された結果："data" "id" "label" "graphics" "vgj" "label.cex" "size" "color" "shape". この場合（エッジの属性）返された結果："linestyle" "label" "data" "color" "width". ヽ(｀Д´#)ﾉﾑｷｰ! 拡張子をちょいちょいっ...

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12288;本日の業務は、Tcsで作ったgmlファイル（でも拡張子は、graph）を、R(igraph）に読み込ませ、ラベルとか、ノードの大きさとか、エッジとかを自由にすること。 Rには読み込めた！ｖ（＾＾）. 12539;・・しかし自由にはならない・・・というところです。昨日は、読み込みすらできなかったので、まぁ、進展したってことですかね。小細工しないで、ファイル名の拡張子がgraphのままで、read.graphを使って、ファイル形式はgmlにすればよかったのだよ、ということでした。はぁぁぁ～。これで、すんなりデータを読みこんでくれました・・・。 12539;・・じつは、くれてなかった。何を読み込んでくれたのか、”属性”を確認したら、. この場合（ノードの属性）返された結果：data id label graphics vgj label.cex size color shape. この場合（エッジの属性）返された結果：linestyle label data color width. ヽ(｀Д´#)ﾉﾑｷｰ! 拡張子をちょいちょいっ...

<META> KEYWORDS

1 研究おぼえがき

2 tcsからigraphへ、だけど

3 結論から申しますと、

4 ファイルが読み込めなかった原因は、おかしな小細工をしていたことで、

5 くれました？

6 listgraph attributes g

7 この場合返された結果：character 0

8 listvertex attributes g

9 listedge attributes g

10 え？ってかんじ

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研究おぼえがき,tcsからigraphへ、だけど,結論から申しますと、,ファイルが読み込めなかった原因は、おかしな小細工をしていたことで、,くれました？,listgraph attributes g,この場合返された結果：character 0,listvertex attributes g,listedge attributes g,え？ってかんじ,なんじゃこりゃぁ～,うちのつつましい願いは、かなえてもらえないようです,エクセルの検索と置換とソート機能を駆使して、データを作り直すのかぃ？,とほほほほ

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12288;本日の業務は、Tcsで作ったgmlファイル（でも拡張子は、graph）を、R(igraph）に読み込ませ、ラベルとか、ノードの大きさとか、エッジとかを自由にすること。 Rには読み込めた！ｖ（＾＾）. 12539;・・しかし自由にはならない・・・というところです。昨日は、読み込みすらできなかったので、まぁ、進展したってことですかね。小細工しないで、ファイル名の拡張子がgraphのままで、read.graphを使って、ファイル形式はgmlにすればよかったのだよ、ということでした。はぁぁぁ～。これで、すんなりデータを読みこんでくれました・・・。 12539;・・じつは、くれてなかった。何を読み込んでくれたのか、”属性”を確認したら、. この場合（ノードの属性）返された結果："data" "id" "label" "graphics" "vgj" "label.cex" "size" "color" "shape". この場合（エッジの属性）返された結果："linestyle" "label" "data" "color" "width". ヽ(｀Д´#)ﾉﾑｷｰ! 拡張子をちょいちょいっ...

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お絵描きがうまくできなくて、|研究おぼえがき

http://rumand.blogspot.com/2013/08/blog-post_29.html

公開日：木曜日, 8月 29 研究の小箱. 12539;・・しかし、できませんでした、というのが今日の報告です。 Tcsで描いたネットワーク図を美しくするにはCytoscopeというソフトを使えばよいらしいのですが、このような（自分にとって）未知のソフトに手を出すよりも、R（igraph）でできたほうが、かっこいいかもという色気が出まして、いろいろ試してみたのですが、・・・できませんでした。ま、まったく最初の、TcsでOUTPUTされるgraph拡張子のファイルを、Rで読み込めないという現象が解決できないのでございます。 12300;拡張子はgraphだども、そもそもはgml形式だから」とTcsの説明書にあるので、んだらば、拡張子を書き換えればいいだけじゃんと思って、. 拡張子をちょいちょいっと変えてRに読み込ませようとしたのですが、「いや知らんし、こんなファイル。ってゆーか、フォーマット違うと思う」というエラーが出てしまうのです。あの～、これは、ｇｍｌと違うのですか？網はかけても・・・。 QIAGEN Multiplex PCR Kitの注意点.

2

8月 2013|研究おぼえがき

http://rumand.blogspot.com/2013_08_01_archive.html

金曜日, 8月 30 ｜研究の小箱. 木曜日, 8月 29 ｜研究の小箱. 網はかけても・・・。水曜日, 8月 28 ｜実験の小箱. 火曜日, 8月 27 ｜研究の小箱. QIAGEN Multiplex PCR Kitの注意点. 月曜日, 8月 26 ｜実験の小箱. 火曜日, 8月 20 ｜実験の小箱. 網はかけても・・・。 QIAGEN Multiplex PCR Kitの注意点. ほんとに久しぶりの更新です。実験の小箱としてお役にたてられるかも？の情報をお知らせします。 KOD－FXでPCRしたテンプレートを、そのままシーケンシング（BigDye3.1)すると、うまく配列を読んでくれない、という悩みは、あちこち（主に多細胞生物）から聞こえていたので.

3

ハプロタイプの網がかけない。|研究おぼえがき

http://rumand.blogspot.com/2013/08/blog-post.html

公開日：火曜日, 8月 27 研究の小箱. Tｃｓか、NetWorkを使えばいいことは分かったのですが、どちらを使うにも、適した形式での”ファイル作成”が欠かせません。ところが・・・・. Tｃｓでは、phy形式のファァいる作成まではできたのに、Tcs上では「塩基配列の数が違うし」とか、「変な文字が入っているから読めない」とか、いろいろ嫌がってファイルを読み込んでくれません。塩基の長さ、違わないし。文字も変換してなおしたし。 NetWorkでは、ｒｄｆファイルしか受け付けないみたい？で、ｒｄｆファイルの変換の仕方がわかりかねている。 65288;何にもできなかった、なんていうよりは、ポジな方向で）. つーか、こんなにみんな使っているんだから、るまんどだけが使えない、なんてことが、あるはずがない。網はかけても・・・。 QIAGEN Multiplex PCR Kitの注意点.

4

KOD-FXとシーケンス|研究おぼえがき

http://rumand.blogspot.com/2013/08/kod-fx.html

公開日：火曜日, 8月 20 実験の小箱. KOD－FXでPCRしたテンプレートを、そのままシーケンシング（BigDye3.1)すると、うまく配列を読んでくれない、という悩みは、あちこち（主に多細胞生物）から聞こえていたので、. うちだけではないのか～と、でも、解決はできないのか～と、もんもんとしていたのですが、. ２）PCR後のテンプレートを５～１０、もしくは20倍程度に希釈する。３）希釈したテンプレートをExo-SAP（もしくはillustra ExoProStar）で、プロトコルどおりにインキュベートする。４）３）をシーケンス用テンプレートとして使って、あとは、BigDye3.1のプロトコルどおりにサイクルシーケンスする。うちの扱っているサンプルでは、この方法で９５％くらい解決しました。 KOD－FXでPCRしたテンプレートは、そのままだとなぜシーケンシング失敗率が高いのか、の理由については、. あ）PCR効率があがる（＝PCR産物がたくさんできる）ので、テンプレートをシーケンス用に適切な濃度にする必要がある. 成功率が95％は、低い？いかにDNA抽出を安く簡単にするか！は...

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網はかけても・・・。|研究おぼえがき

http://rumand.blogspot.com/2013/08/blog-post_28.html

網はかけても・・・。公開日：水曜日, 8月 28 実験の小箱. Ｖ（＾＾）ｖ. とにもかくにも、原因は、phyファイルやNEXUSファイルが、Tcsの読めるように書けない、ということでした。原因と解決法の覚書は、以下。 12288;なんでか、MEGAで確認した塩基数や、phyで書きだされる塩基数が間違っていて、結局、ワードでカウントした文字数を入れたら、ランできた。 12288;gap（fasファイルだとハイフン）のある個体とない個体は混在しないように、解析の配列の選び方を工夫する. 12288;・・・readmeには、. 12300;Version 1.21 (30 June 2005). Fixed the mapping code to deal with gaps correctly as defined in the GUI, either as 5th state or as missing (IUPAC ambiguity characters are always treated as missing data).」. 180;д｀)ﾄﾎﾎ…。と言うわけで、次は&#1...

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