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酵母コロキアム | Yeast Colloquium: think next of yeast biology | ページ 2
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. Yeast Meeting at Princeton. Http:/ www.yeast-meet.org/2012/. 今回は以前yeast researchメーリングリストに投稿した フランケンゲノム の内容を編集して投稿します。 良い例がSaccharomyces Genome DatabaseのS. cerevisiaeのゲノムです。 2011年4月まで もしかして今でも [後述] 長らく私達がS. cerevisiae S288c株のリファレンスゲノムとして取り扱ってきたゲノムは、複数のグループがそれぞれの染色体 またはその一部 を担当してサンガー法で解読されたものでした。 したがって、2009年4月まで皆がS. cerevisiae S288c株のゲノムとしていたもの UCSCブラウザでsacCer2およびsacCer1にあたるもの はいろんなS288c株近縁種のゲノムがごちゃまぜに繋ぎ合わされたゲノムでした。 Http:/ www.forbes.com/sites/matthewh...1] Li...
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第十五回 クロマチン代謝のシステマチックスクリーニング | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. 第十六回 酵母研究における生化学、それにつづくグローバル解析 →. 現在守屋さん、吉田さん、大西さんらとYeast Meeting 2012 プリンストンに滞在しています。 酵母テクノロジー屋の観点から、昨日のFred van Leeuwenさんの発表 [1] が面白いスクリーニングだと思ったので紹介させて下さい。 酵母の一遺伝子破壊株コレクションの株それぞれにバーコーダー法 [2] でDNAバーコードを入れ、このクロマチン代謝トリック株とそれぞれ掛け合わせ、SGA法 [3] でクロマチン代謝トリックを持ちかつ一遺伝子が破壊された株のコレクションを作成しました。 KanMX4のプロモーター領域 UPTAG周辺 とターミネーター領域 DNTAG 周辺ではヌクレオソームのコンポジションが違う。 1] http:/ www.yeast-meet.org/2012/abstracts/fulltext/f12560021.htm. 投稿日: 2012年8月4日 カテゴリー: 遺伝子工学.
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話題提供者募集 | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. Nzmyachie (a) utoronto.ca. 酵母勃興 分子生物学会年会でワークショップ 酵母ルネッサンス をやります. ブランダイズ大学 Assistant Professor Web. Brooklyn College/The City University of New York Assistant Professor Web. 存分に酵母について盛り上がりましょう 2 years ago.
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第十七回 エラーの影響を無いように見せる？大規模データの世界。SGAの例。 | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. Larr; 話題提供者にAmy Ikuiさんが加わりました. 第十八回 CerevisiaeのKOコレクションに見られるAneuploidy →. はじめに、2010年にトロントの大規模なSGA解析 [1] によって生産された鮮やかな酵母の遺伝子のネットワークの図はSGA解析から得られた遺伝的ネットワーク (genetic interaction network) そのものではありません。 これはそれぞれの遺伝子の遺伝的プロファイル (genetic interaction profile) の相関をネットワークにして可視化したものです。 大雑把に言えば、大規模データは 少々 の正解が混ざっていれば 大体 の事が言えるということです。 そして おそらく 遺伝子のネットワークが既存の遺伝子の機能 (GO, Gene Ontology) を上手くクラスタリングできることが直感的な良いデモンストレーションであり課題でした。 ところが、遺伝子Aはその他の5,999個の遺伝子との関係のスコア群 プロファイル があります。
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話題提供者にAmy Ikuiさんが加わりました | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. Larr; 第十六回 酵母研究における生化学、それにつづくグローバル解析. Amy IkuiさんはロックフェラーのFred Crossのラボでポスドクをされたあと現在Brooklyn Collegeで ラボを主宰. 投稿日: 2012年8月6日 カテゴリー: Uncategorized. Larr; 第十六回 酵母研究における生化学、それにつづくグローバル解析. 酵母勃興 分子生物学会年会でワークショップ 酵母ルネッサンス をやります. ブランダイズ大学 Assistant Professor Web. Brooklyn College/The City University of New York Assistant Professor Web. 存分に酵母について盛り上がりましょう 2 years ago.
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11月 | 2013 | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. 酵母勃興 分子生物学会年会でワークショップ 酵母ルネッサンス をやります. 1PW14 第 14 会場 神戸国際展示場 2 号館 3 階 3B 会議室. オーガナイザー 守屋 央朗 岡山大学 ，吉田 知史 ブランダイス大学. 13:15 Introduction 守屋 央朗 岡山大学. 13:20 1PW14-1 酵母で明らかにする、細胞が傷を治すメカニズム 河野 恵子，折井 みなみ，温 欣宜，中西 真 名市大 医. 13:38 1PW14-2 酵母だから測れる 、過剰発現のコピー数限界 守屋 央朗 岡大 異分野コア. 13:56 1PW14-3 酵母をとおしてみたゲノム維持の素顔 飯田 哲史1,2,4，飯田 直子 3,6，中嶋 映里香1,2，瀬々 潤5，中村 保一 3,6，小林 武彦1,4 1 国立遺伝研 細胞遺伝，2JST さきがけ，3 国立遺伝研 大量遺伝情報，4総研大，5東工大 理工 計算工学，6DDBJ. 酵母勃興 分子生物学会年会でワークショップ 酵母ルネッサンス をやります.
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4月 | 2013 | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. のディスカッションで、プラズモダクションとプラスミドを用いた遺伝子破壊を組み合わせる事で、Synthetic Genetic Array (SGA)およびその関連技術を改善する事が出来るのではないか、という提言をしました。 は、Yeast ORF-deletion collectionやORF-overexpression collectionなどを使い、大量の遺伝子相互作用を網羅的に解析する手法. １ 酵母の全ORFについて、バーコード付き遺伝子破壊カセット 両端にI-SceI制限酵素認識配列付き をGAL-I-SceIプラスミド (. ２ ドナー株 からプラスミドを レシピエント株 にプラズモダクションで移動させる. A) 最終的に破壊された株は レシピエント株 とisogenicになるため、接合 胞子形成を介するSGAよりも均質なポピュレーションが得られる。 B) ドナー株 と接合できるかぎり、どのような株でも レシピエント株 として使用可能。 酵母の成功に触発されて、遺伝子単位でのノックアウト ノックダ...
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酵母勃興！分子生物学会年会でワークショップ「酵母ルネッサンス」をやります | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. Larr; 第２１回 酵母遺伝学に一塩基対単位へのルネサンスは訪れているのか. 酵母勃興 分子生物学会年会でワークショップ 酵母ルネッサンス をやります. 1PW14 第 14 会場 神戸国際展示場 2 号館 3 階 3B 会議室. オーガナイザー 守屋 央朗 岡山大学 ，吉田 知史 ブランダイス大学. 13:15 Introduction 守屋 央朗 岡山大学. 13:20 1PW14-1 酵母で明らかにする、細胞が傷を治すメカニズム 河野 恵子，折井 みなみ，温 欣宜，中西 真 名市大 医. 13:38 1PW14-2 酵母だから測れる 、過剰発現のコピー数限界 守屋 央朗 岡大 異分野コア. 13:56 1PW14-3 酵母をとおしてみたゲノム維持の素顔 飯田 哲史1,2,4，飯田 直子 3,6，中嶋 映里香1,2，瀬々 潤5，中村 保一 3,6，小林 武彦1,4 1 国立遺伝研 細胞遺伝，2JST さきがけ，3 国立遺伝研 大量遺伝情報，4総研大，5東工大 理工 計算工学，6DDBJ.
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第八回 プラズモダクション | 酵母コロキアム
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Yeast Colloquium: think next of yeast biology. Larr; 第七回 酵母はなぜ胞子を作るのか. 第九回 HO遺伝子 →. 守屋さんが話題提供して下さった 第三回 酵母の形質転換効率 の議論の中で、酵母の形質転換に関してその効率や、細胞質に取込まれたDNAが核内へどのように移行するのか、プラスミドの導入が難しい株などについて話題になっていました。 私が簡便でライブラリースケールの形質転換によいと思うのはZymoresearch社のEZ transformation kit リチウムアセテイト法 [1] ですが、株によっては上手くプラスミドの導入ができず形質転換効率は常に問題になります。 守屋さんが最近発表されたgTOWの仕事 2D gTOW [2] にもそういった要求がありそうです。 そこで便利なのがコロンビア大学のRodney Rothsteinらが2002年にMethods in Enzymologyに書いたプラズモダクション plasmoduction = plasmid induction です [3]。 3) ドナー と レシピエント を交配させます。
